pbr322.sq1
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y          search for restriction site?
cgcg     cg/cg    AccII, BstU I, FnuD II, Tha I
y
agct     ag/ct    Alu I
y
gcgc     gcg/c    Cfo I, Hha I
y
gatc     ga/tc    Dpn I
y
ggcc     gg/cc    Hae III,  Pal I
y
gcgc     g/cgc    HinP I
y
ccgg     c/cgg    Hpa II, Msp I
y
ctag     c/tag    Mae I
y
acgt     a/cgt    Mae II
y
gatc     /gatc    Mbo I, Nde II, Sau3A I
y
ttaa     t/taa    Mse I
y
gtac     gt/ac    Rsa I
y
tcga     t/cga    Taq I, TthHB8 I
y
ccagg    cc/agg   Apy I*, BstN I*
y
cctgg    cc/tgg   Apy I*, BstN I*
y
ggacc    g/gacc   Asu I*, Nsp IV*, Sau96 I*
y
ggtcc    g/gtcc   Asu I*, Nsp IV*, Sau96 I*
y
ggccc    g/gccc   Asu I*, Nsp IV*, Sau96 I*
y
gggcc    g/ggcc   Asu I*, Nsp IV*, Sau96 I*
y
ggacc    g/gacc   Ava II*, Sin I*
y
ggtcc    g/gtcc   Ava II*, Sin I*
y
ctaag    c/taag   Dde I*
y
cttag    c/ttag   Dde I*
y
ctcag    c/tcag   Dde I*
y
ctgag    c/tgag   Dde I*
y
ccagg    /ccagg   EcoR II*
y
cctgg    /cctgg   EcoR II*
y
gcagc    gc/agc   Fnu4H I*
y
gctgc    gc/tgc   Fnu4H I*
y
gccgc    gc/cgc   Fnu4H I*
y
gcggc    gc/ggc   Fnu4H I*
y
gaatc    g/aatc   Hinf I*
y
gattc    g/attc   Hinf I*
y
gactc    g/actc   Hinf I*
y
gagtc    g/agtc   Hinf I*
y
gtaac    /gtaac   Mae III*
y
gttac    /gttac   Mae III*
y
gtcac    /gtcac   Mae III*
y
gtgac    /gtgac   Mae III*
y
cccgg    cc/cgg   Nci I*
y
ccggg    cc/ggg   Nci I*
y
gacgtc   gacgt/c  Aat II
y
gtatac   gt/atac  Acc I*
y
gtcgac   gt/cgac  Acc I*
y
cttaag   c/ttaag  Afl II
y
gacgtc   ga/cgtc  Aha II*
y
ggcgcc   gg/cgcc  Aha II*
y
gggccc   gggcc/c  Apa I
y
gtgcac   g/tgcac  ApaL I
y
attaat   at/taat  Ase I
y
ggtacc   g/gtacc  Asp718 I
y
cccggg   c/ccggg  Ava I*
y
ctcgag   c/tcgag  Ava I*
y
cctagg   c/ctagg  Avr II
y
ttcgaa   tt/cgaa  Asu II, BstB I
y
tggcca   tgg/cca  Bal I
y
ggatcc   g/gatcc  BamH I
y
ggcgcc   g/gcgcc  Ban I*
y
ggtacc   g/gtacc  Ban I*
y
gagctc   gagct/c  Ban II*
y
gggccc   gggcc/c  Ban II*
y
ggcgcg   ggcgc/g  Bbe I
y
tgatca   t/gatca  Bcl I
y
agatct   a/gatct  Bgl II
y
gacgtc   ga/cgtc  BsaH I*
y
ggcgcc   gg/cgcc  BsaH I*
y
gagctc   gagct/c  Bsp1286 I*
y
gggccc   gggcc/c  Bsp1286 I*
y
gtgcac   gtgca/c  Bsp1286 I*
y
tccgga   t/ccgga  BspE I
y
tcatga   t/catga  BspH I
y
tccgga   t/ccgga  BspM II
y
gcgcgc   g/cgcgc  BssH II
y
ggatcc   g/gatcc  Bst I
y
atcgat   at/cgat  Cla I
y
tttaaa   ttt/aaa  Dra I
y
cggccg   c/ggccg  Eae I*
y
tggcca   t/ggcca  Eae I*
y
cggccg   c/ggccg  Eag I
y
gaattc   g/aattc  EcoR I
y
gatatc   gat/atc  EcoR V
y
tgcgca   tgc/gca  Fsp I
y
agcgct   agcgc/t  Hae II*
y
ggcgcc   ggcgc/c  Hae II*
y
gagctc   gagct/c  HgiA I*
y
gtgcac   gtgca/c  HgiA I*
y
gacgtc   ga/cgtc  HgiD I*
y
ggcgcc   gg/cgcc  HgiD I*
y
gtcgac   gtc/gac  Hine II*
y
gttaac   gtt/aac  Hine II*
y
gtcgac   gtc/gac  Hind II*
y
gttaac   gtt/aac  Hind II*
y
aagctt   a/agctt  Hind III
y
gttaac   gtt/aac  Hpa I
y
ggtacc   ggtac/c  Kpn I
y
acgcgt   a/cgcgt  Mlu I
y
tggcca   tgg/cca  Msc I
y
gccggc   gcc/ggc  Nae I
y
ggcgcc   gg/cgcc  Nar I
y
ccatgg   c/catgg  Nco I
y
catatg   ca/tatg  Nde I
y
gctagc   g/ctagc  Nhe I
y
ggatcc   gga/tcc  Nla IV*
y
ggtacc   ggt/acc  Nla IV*
y
ggcgcc   ggc/gcc  Nla IV*
y
gggccc   ggg/ccc  Nla IV*
y
tcgcga   tcg/cga  Nru I
y
atgcat   atgca/t  Nsi I
y
gagctc   gagct/c  Nsp II*
y
gggccc   gggcc/c  Nsp II*
y
gtgcac   gtgca/c  Nsp II*
y
cccggg   c/ccggg  Nsp III*
y
ctcgag   c/tcgag  Nsp III*
y
ctcgag   c/tcgag  RaeR7 I
y
ctgcag   ctgca/g  Pst I
y
cgatcg   cgat/cg  Pvu I
y
cagctg   cag/ctg  Pru II
y
cgatcg   cgat/cg  Rsp Ia
y
gagctc   gagct/c  SacI
y
ccgcgg   ccgc/gg  Sac II
y
gtcgac   g/tcgac  Sal I
y
agtact   agt/act  Sca I
y
cccggg   ccc/ggg  Sma I
y
tacgta   tac/gta  SnaB I
y
actagt   a/ctagt  Spe I
y
gcatgc   gcatg/c  Sph I
y
aatatt   aat/att  Ssp I
y
gagctc   gagct/c  Sst I
y
ccgcgg   ccgc/gg  Sst II
y
aggcct   agg/cct  Stu I
y
ccatgg   c/catgg  Sty I*
y
cctagg   c/ctagg  Sty I*
y
tctaga   t/ctaga  Xba I
y
cccggg   c/ccggg  Xcy I
y
ctcgag   c/tcgag  Xho I
y
agatct   a/gatct  Xho II*
y
ggatcc   g/gatcc  Xho II*
y
cgatcg   cgat/cg  Xor II
y
cccggg   c/ccggg  Xma I
y
cggccg   c/ggccg  Xma III
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